In den Bezugsschulen sind Kolleginnen und Kollegen mit unterschiedlicher Stundenzahl eingesetzt, um dort die Schülerinnen und Schüler sowie die Lehrkräfte zu beraten und im Unterricht zu unterstützen.

Insgesamt 13 Schulen gehören zu den Bezugsschulen der Anne-Frank-Schule

Grundschulen

Friedensschule und Schule im Angelgarten in Groß-Zimmern, Geißbergschule in Klein-Zimmern, Gutenbergschule und Marienschule in Dieburg, Regenbogenschule in Altheim, John-F.-Kennedy-Schule in Münster, Stephan-Gruber-Schule in Eppertshausen sowie Ludwig-Glock-Schule in Messel

Sekundarstufenschulen

Goetheschule und Alfred-Delp-Schule in Dieburg, Schule auf der Aue in Münster, Albert-Schweitzer-Schule in Groß-Zimmern